Las aproximaciones y desarrollos de la genómica pueden proporcionan nuevas herramientas, abordajes, protocolos y métodos para identificar genotipos mejorados en colecciones que ya existen

Según el MAPAMA, en 2014 se produjeron 7,047 millones de toneladas de cítricos en España, de las que 3,483 millones correspondieron a naranjas, 2,389 millones a mandarinas, 1,088 a limones y el resto a pomelos, naranja amarga y otros cítricos. Para ello se destina una superficie de 301.124 hectáreas, aunque en 2010 se llegaron a cultivar cerca de las 320.000.

Más de la mitad de los cítricos se destinan al mercado de exportación, con un volumen superior a los 4 millones de toneladas en 2015, de los cuales casi 1,9 millones correspondieron a naranjas, 1,56 millones a mandarinas y 638.000 a limones.

La mayor producción nacional, representando un 55%, se obtuvo en 2014 en la Comunidad Valenciana, le siguió en importancia Andalucía y en tercer lugar la Región de Murcia, en la que el cultivo más importante es el limón.

El sector de los cítricos ha sufrido en los últimos años una grave crisis de precios, acrecentada por el veto ruso, en el que nos encontramos en el 4º año de su implantación, un incremento de los precios de la energía y otros factores de producción. Esto ha comportado, tanto para los productores de naranjas como para los de mandarinas, resultados económicos negativos.

Un informe publicado el pasado año por AVA (Asociación Valenciana de Agricultores), en su boletín mensual, indica que en la Comunidad Valenciana se han dejado de cultivar 3.136 ha de cítricos, que supone un descenso del 2% respecto al año anterior. También informa del proceso de reconversión, en lo que se viene denominando cultivos alternativos como el caqui, el granado o el albaricoque, por poner algunos ejemplos, o una vez más al cambio y reestructuración varietal. Se aprecia cómo a lo largo de las campañas el agricultor pierde dinero con algunas variedades, tanto de mandarinas como de naranja, mientras existen variedades con las que el productor está ganando dinero, con liquidaciones muy interesantes, especialmente algunas de las que se cosechan al inicio y final de temporada.

En este contexto, la oferta varietal de nuestra citricultura se muestra claramente insuficiente y desorientada sin que obedezca a ningún plan racional. Desde un punto de vista científico-técnico, el resorte necesario para estimular al sector citrícola pasa inexorablemente por la generación de nuevas variedades mejor adaptadas a nuestras condiciones y a las exigencias actuales de un mercado global. Sin embargo, las características reproductivas de los cítricos de forma general restringen e incluso imposibilitan la renovación de variedades genéticamente superiores.

Ante esta situación, un grupo de entidades decidieron en 2008 constituir el consorcio Citruseq-Citrusgenn (Centro de Genómica del IVIA, Anecoop S Coop., Eurosemillas, Source Citrus Genesis SL, GCM Variedades Vegetales A.I.E., ICC, SA y Cajamar), con objeto de abordar tres objetivos: a) caracterizar las nuevas variedades actuales, b) generar nuevas variedades mejor adaptadas a nuestras condiciones, y c) desarrollar herramientas y protocolos genómicos que permitan acelerar la mejora de los cítricos.

En relación con el primer objetivo, su finalidad es relacionar las características agronómicas con la estructura genómica de aquellas variedades que muy probablemente se constituirán en pilares fundamentales de la citricultura española tras el paso de la crisis. En relación con el segundo objetivo, el consorcio generó en los dos proyectos anteriores alrededor de 9.000 nuevos genotipos agrupados en colecciones de líneas mutantes, híbridos y poblaciones segregantes. En este caso, la finalidad es doble, por un lado evaluar y seleccionar nuevos genotipos que puedan ser incorporarlos a la oferta varietal, y por otro fenotipar poblaciones segregantes que fueron diseñadas para efectuar estudios de asociación GBS (genotyping by sequencing) y GWAs (genome wide association estudies).

La propuesta también persigue aplicar los protocolos y herramientas genómicas desarrolladas en los proyectos previos. Aquellas propuestas permitieron la secuenciación del genoma de 250 especies, variedades y patrones de cítricos y la generación de una base de datos que almacena información para identificar variantes estructurales. Esta información se utilizará además para autentificar variedades y para generar set de marcadores específicos de procesos biológicos y marcadores moleculares. Por otro lado, el consorcio también ha secuenciado todos los descendientes de una población segregante de más de 650 individuos a la espera de realizar su fenotipado para desarrollar los estudios de asociación GBS y GWAs ya mencionados.

En los últimos años, se ha mostrado que las aproximaciones y desarrollos de la genómica pueden proporcionan a los investigadores nuevas herramientas, abordajes, protocolos y métodos para identificar de forma rápida genotipos mejorados en colecciones que ya existen.

En el marco de estos dos proyectos, el consorcio dilucidó las secuencias genómicas de más de 250 especies, variedades y patrones de cítricos, y generó alrededor de 16.000 nuevos genotipos estructurados en colecciones de mutantes, híbridos y poblaciones segregantes. El acceso a las secuencias de los genomas de los cítricos permitirá interpretar los cambios, variantes y reorganizaciones genómicas que presentan las variedades de valor comercial y los genotipos élite de estas colecciones. Es de esperar que los resultados de esta propuesta proporcionen las herramientas más poderosas conocidas hasta la fecha para el estudio, análisis y mejora de los cítricos.

En este momento se desarrolla un proyecto coordinado INIA, cuyos objetivos concretos se adecuan a la Línea Prioritaria para 2014 del INIA, número 12. Reto: Biotecnología y mejora genética de nuevas variedades vegetales.

El objetivo global del proyecto coordinado es fenotipar, caracterizar agronómicamente y dilucidar la estructura del genoma del nuevo material varietal de cítricos. Este objetivo tiene una finalidad doble: por un lado, seleccionar directamente nuevas variedades élite y, por otro, generar la información necesaria para abordar selecciones genómicas.